Asal mula nama Kapandayan berasal dari pekerjaan penduduk Desa Kapandayan yang mayoritas masyarkatnya bekerja sebagai tukang pembuat perkakas rumah tangga (tukang pandai), tepatnya berada di Dusun Keliwon atau yang terkenal dengan sebutan Pamijen. Sebelum menjadi Desa Kapandayan, dahulu wilayah Kapandayan menyatu dengan Desa Sidaraja. Namun karna wilayah Sidaraja yang terlalu luas akhirnya masyarakat memutuskan untuk memisahkan diri.
